臺灣每年5至10月為日本腦炎流行季，最常見的臨床表現是急性腦炎且各年齡層都有感染風險，日本腦炎的致死率約20%至30％，存活病例中，約30%至50％有神經性或精神性後遺症，鹽水區衛生所提醒民眾應提高警覺，不可掉以輕心。
疾管署指出，臺灣傳播日本腦炎的病媒蚊以三斑家蚊、環紋家蚊及白頭家蚊為主，常孳生於水稻田、池塘及灌溉溝渠等處，吸血高峰為黃昏與黎明時段。大部分的人感染日本腦炎無明顯症狀，有症狀者會有頭痛、發燒等症狀，嚴重則可能出現意識改變、對人時地不能辨別、全身無力等，甚至昏迷或死亡。請民眾儘量避免於病媒蚊吸血高峰時段，在病媒蚊高風險環境附近活動；如果無法避免，應穿著淺色長袖衣褲，並於身體裸露處使用政府機關核可，含敵避(DEET)、派卡瑞丁(Picaridin)或伊默克(IR3535)成分的防蚊藥劑。
疾管署也呼籲預防日本腦炎最有效的方法為接種日本腦炎疫苗，我國幼兒常規接種時程為出生滿15個月接種第1劑，間隔12個月接種第2劑，提醒民眾應按時帶家中適齡幼兒至各地衛生所或合約院所接種疫苗，以避免因感染衍生嚴重後遺症。此外，住家或活動地鄰近豬舍、水稻田等高風險環境的民眾應落實防蚊，如自覺有感染風險的成人，可前往旅遊醫學門診評估自費接種疫苗。相關資訊可至疾管署網站或撥打免付費防疫專線1922(或0800-001922)洽詢。
鄰近台南市自費接種成人日本腦炎疫苗醫院:
| 縣市 | 醫院名稱 | 科別 | 電話 | 地址 |
| 嘉義市 | 天主教聖馬爾定醫院 | 健康管理中心 | 05-275-6000 #3302、3303 | 600 嘉義市東區大雅路二段565號 |
| 嘉義縣 | 嘉義長庚紀念醫院 | 旅遊醫學門診 | 05-362-1000 | 613 嘉義縣朴子市嘉朴路西段6號 |
| 臺南市 | 成大醫院 | 家庭醫學科 | 06-235-3535 #2270 | 704 臺南市北區勝利路138號 |
以上資料來源:衛福部疾管署官網(以上資料如有修正請至疾管署官網查詢最新消息113.10.08)