本區共有西醫診所8所，中醫診所1所，牙醫 4 所，衛生所 1 所，均集中於市區。
台南市鹽水區衛生所
台南市鹽水區中境里武廟路一號
06-6521041
錫和診所
台南市鹽水區武廟里武廟路 31號
06-6521202
林正發診所
台南市鹽水區水仙里中正路 66號
06-6522349
翁冠文診所
台南市鹽水區水正里中正路 107號
06-6522451
安泰診所
台南市鹽水區橋南里月津路27號
06-6527222
杏恩診所
台南市鹽水區水秀里朝琴路 130之11號
06-6522032
曾小兒科診所
台南市鹽水區武廟里武廟路 30號
06-6528620
金小兒科診所
台南市鹽水區武廟里三福路 72號
06-6521010
禾心堂中醫診所
台南市鹽水區武廟里武廟路 22號
06-6535111
柯牙醫診所
台南市鹽水區水正里中正路 85號
06-6521451
美滿牙醫診所
台南市鹽水區水正里中正路 67號
06-6532428
明利牙醫診所
台南市鹽水區水秀里朝琴路 6號
06-6525716
臻品牙醫診所
台南市鹽水區水秀里朝琴路 170號
06-6534568